Hardangervidda er Norges største nasjonalpark på fastlandet, mens Jomfruland er en såkalt marin nasjonalpark. Felles for dem er at de er store naturområder med særegne eller representative økosystemer, og uten tyngre naturinngrep. Slike områder bidrar til å sikre at samspillet i naturen ikke blir forstyrret, og er en viktig del av arbeidet med å hindre at planter og dyr blir utryddet.
Fylkeskommunen bidrar til utvikling av nasjonalparkene, blant annet gjennom deltakelse i nasjonalparkstyret i Jomfruland samt deltakelse i rådgivende utvalg.